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Charles DARWIN proposa dans son livre ( photo ci dessous exposée au Muséum d'Histoire Naturelle) De l'origine des espèces en 1859 une théorie : celle de l'évolution.
Les espèces se transforment et lèguent leurs caractères héréditaires à leur descendance. Sont transmis les caractères anciens, non modifiés, et les caractères nouveaux qui sont à l'origine de l'évolution de l'espèce considérée.
Pour Darwin la classification doit refléter le déroulement de la généalogie, c'est à dire l'évolution biologique.
Il s'affranchit de la théologie si prégnante chez ses prédécesseurs (Liebniz, Bonnet et surtout Linné).
L'arbre généalogique apparaît, expression de la phylogénie ensuite exploité par Haeckel.
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